O Programa de Pós-Graduação em Saúde e Nutrição, nível Mestrado acadêmico, da ENUT foi aprovado em 2009, com ingresso da primeira turma em 2010. Em 2018, o Doutorado foi aprovado pela CAPES, com início da primeira turma no segundo semestre de 2019.
Desde sua criação foi grande a procura, sendo inscritos 119 (2010), 93 (2011), 78 (2012), 57 (2013), 35 (2014) e 41 (2015) candidatos. Todos os alunos (36), ingressantes em 2010, 2011 e 2012, e grande parte dos alunos de 2013, já defenderam sua dissertação com tempo médio de 24,2 meses. A ENUT conta com infraestrutura, apoio institucional e um corpo docente qualificado, todos docentes possuem regime de Dedicação Exclusiva.
Em agosto de 2009, existiam 391 Cursos de Nutrição no Brasil (324 privados e 67 públicos), com 49.185 vagas anuais (Conselho Federal de Nutrição). Segundo o Censo Demográfico de 2010 (IBGE), o estado de Minas Gerais apresenta a segunda maior população do país, com cerca de 20 milhões de habitantes distribuídos em 853 municípios. Considerando a grande área Ciências da Saúde e a área de Nutrição, existem 22 cursos de Pós-Graduação recomendados pela CAPES, destes, dois funcionam no estado de Minas Gerais, sendo que apenas um deles conta com o curso de doutorado (Ciências da Nutrição UFV). Chama atenção que o estado possui 58 cursos de graduação em Nutrição, o que gera um bom número de profissionais.
O Programa de Pós-Graduação em Saúde e Nutrição atende aos profissionais graduados na área da Nutrição e outras áreas afins, provenientes tanto da Região dos Inconfidentes (incluindo o município de Ouro Preto) quanto de outras regiões do estado de Minas Gerais, inclusive de Belo Horizonte que está a cerca de 100 Km de Ouro Preto, assim como a graduados de outras regiões do Brasil.
O Programa de Pós-Graduação em Saúde e Nutrição contribui com a formação de mestres e doutores, no desenvolvimento da pesquisa e produção científica, fortalecendo a disseminação da produção científica e acadêmica no país, além de contribuir para a consolidação das ações do Sistema Único de Saúde no estado.